到了农业时代，尤其是人类开始驯化动植物之后，人类与野生动植物的关系开始转变为合作关系，这也间接缓解了早期人类对于野生动植物需求的压力。而历史上那些被人类有意或者无意选择的动植物被人类驯化，它们的命运和人类的命运也随之一并发生了转折。

  从目前全球发掘的新石器时代遗址情况判断，西亚和北非的新石器时代发展较早，目前的考古研究证实，西亚是世界上农业起源最早的地区之一。公元前7至8世纪，人类主要种植小麦、大麦和豆类。我国部分地区大约在公元前10世纪进入新石器时代，是世界上粟、黍、水稻等的起源地。公元前8世纪，粟、黍等旱作农业起源于我国黄河中下游、辽河和海河流域。我国的长江中下游则是世界水稻的发源地，代表性遗址为江西的仙人洞和吊桶环及湖南的玉蟾岩，分别发现了公元前10世纪的硅化水稻和公元前7世纪的稻田遗址。

  在农业起源中，中国古代先民对小米的驯化过程，堪称一段传奇。我国对小米的驯化最早见于8000年前。内蒙古赤峰市敖汉旗东部兴隆沟聚落遗址出土了1500多粒炭化植物种子，这是目前我国乃至世界上所发现的最早的小米遗存。与其他作物有所不同，小米的祖先种其实更类似于如今的狗尾巴草，仅看其外形是无法带来食欲的。但是，中国的古代先民敏锐地发现它的食用价值，并加以驯化。

  几乎与农业起源同时，人类也开始驯化动物。在10000多年前，人类驯化了狗；猪最初在大约9000年前于今天的土耳其东部一带得到驯化，此后驯化方法传播到了中欧、意大利、印度、缅甸、中国和新几内亚等地。

  历史上的动植物驯化，是人类与动物关系史上具有里程碑意义的事件。一方面，有了驯化的动植物之后，人类减少了对采集植物和狩猎动物的依赖；另一方面，由于人类对驯化的动植物极为重视，而伴随人类生活地域的扩张，被驯化的动植物开始在全球扩张，纷纷进入原本不属于它们自然分布的地方。比如，我们如今全球食用的麦，其原生地仅限于中东地区，而玉米、番茄、红薯等原本只生长于美洲大陆一隅。

  自从人类驯化出动植物之后，人类与动植物之间的关系可以明显分为两类：一类是人类与驯化的动植物之间的关系；另一类是人类与野生动植物之间的关系。

  根据人类驯化动植物的目的不同，人类也对其表现出了不同的态度。人类对自己所驯化的作物表现出了严重的依赖，从某种程度上将这些作物的收成与当时人类社会的根基是否稳固相联系，这就是农业时代人类强调的“民以食为天”。世界范围内历朝历代的古代统治者都非常重视农业的发展。为了精细化耕种，我国先民早在商朝就发明了犁，到春秋战国时期开始普及牛犁；在2000多年前的先秦时代，人们就已经发展了灌溉农业。

  与此同时，驯化动物的出现也大大加速了人类文明的进程。很长一段时间里，狗被驯化后是作为人类的帮手存在的。在人类狩猎活动中，狗可以帮助人类预警并对抗猛兽，还可以帮助人类追捕狩猎其他中小型猎物。牛的驯化则大大提高了古代农业耕作的效率。马的驯化更是直接改变了人类的出行方式，缩短了空间的距离，极大促进了文化的交流与融合。有道是“汉唐之所以张者,皆唯畜牧之盛也”（清·王夫之）。我国古代，历代统治者对这些驯化的动物极为重视。秦汉时期皆立法严禁杀牛，魏晋南北朝时期曾规定：“非宗庙社稷之祭不得杀牛，犯者皆死。”（《晋书》）宋朝为了保护农业生产颁布法令，严厉禁止私宰耕牛，即使是自家的耕牛也不能乱杀。历朝历代对马也非常重视。出土的秦简提到关于“乘马笃、胔及不会膚期”的律令（《睡虎地秦墓竹简》），这条律令翻译成现代话就是：如果饲养的马体形消瘦、行动迟缓或者不按期参加评比，负责人就要受到“赀各一盾”的处罚。

  人类驯化动植物的发展从某种程度上也为野生动植物的发展提供了空间。这一时期，除了少数游牧部落外，处于农耕文明下的人们对野生动植物的需求实际是大大降低了的。与此同时，人类对野生植物的依赖也极大地降低了。对于采集的对象，由原来解决温饱的基本需求逐渐演化成高端需求，比如从采摘果腹食物为主逐渐变为采摘各种名贵药材、名菌等。由此，野生动植物在满足人们生存、生活必要需求方面的地位随之下降，而在满足人类观赏等其他功能方面的价值则开始上升。于是，人类开始在各地收集奇花异木、珍奇异兽，以供观赏之需。最初的动物园雏形就起源于古代国王、皇帝和王公贵族们的一种嗜好，即从各地收集来珍禽异兽，将它们圈养在皇宫里，供人们玩赏，以作为财富和地位的象征。在我国，《诗经》有云：“王在灵囿，麀鹿攸伏。麀鹿濯濯，白鸟翯翯。”说明在周代就出现了类似的设施，饲养动物以供观赏娱乐。始建于1078年的英国伦敦塔中也曾饲养狮子等动物以供人类娱乐。而万牲园则是中国历史上最早的近代公共动物园。清光绪三十二年（1906年），由商部奏准修建“农事试验场”，将清宫动物交场内豢养，故这座农事试验场又有“万牲园”之称。1907年7月19日，京师万牲园对外开放，最初的展品是南洋大臣兼两江总督端方自德国购回的部分动物及全国各地抚督送献清朝政府的动物。万牲园的建立，标志着中国现代动物园的开端。

  植物园的历史同样悠久。公元前138年，汉武帝扩建长安（今西安）上林苑时，栽植了远方所献珍贵果树、奇花、异草等2000多种，可说是世界上最早的植物园雏形。宋代司马光所著《独乐园记》中提到的“采药圃”，记载了“沼东治地为百有二十畦，杂莳草药，辨其名物而揭之”，这和现代的药用植物园已经非常类似了。西方则从公元1世纪安东尼厄斯·卡斯特在罗马建立的花圃起，到文艺复兴后16—17世纪英国杰拉德在霍尔本城建立的植物园，也以药用植物为主要搜集内容。目前世界现存最早的植物园，是意大利的帕多瓦植物园，这座帕多瓦药用植物园建于1545年。

  在这一时期，伴随着进一步利用动植物，人类也进一步知晓了如何保护动物。从文献资料来看，从传说的五帝时代开始，中国先民就非常重视野生动物保护。当时管理山泽鸟兽的官员被称为“虞”。大禹治水时，舜帝同时派益为“虞”。现在看来，“虞”可以视为世界上最早的生态保护机构和官职，而益可以说是世界上第一位出现在记载中的生态保护官员。到了公元前11世纪，西周颁布的《伐崇令》规定：“毋坏屋，毋填井，毋伐树木，毋动六畜。有不如令者，死无赦。”违者受到的惩罚很严厉。春秋时，《管子·地数》载：“苟山之见荣者谨封而为禁。有动封山者，罪死而不赦。有犯者，左足入，左足断，右足入，右足断。”《吕氏春秋·士容论·上农》中也记载，当时制定了春夏秋冬的禁令，规定在生物繁育时期，不准砍伐山中树木，不准在泽中割草烧灰，不准用网具捕捉鸟兽，不准用网下水捕鱼等。这些机构的设置和法令的完善，为后来各个历史时期的野生动物保护奠定了基础。近代的动物保护法则起源于欧洲。1822年，爱尔兰政治家马丁说服英国议院通过了禁止残酷对待家畜的马丁法案。1934年3月通过的《普鲁士狩猎法》，其主要内容是严格禁止捕杀未成年的幼兽和怀孕的母兽，列出不许捕杀的各种动物和飞禽，并对狩猎的各种形式作了详尽的规定。