先后在《骄傲的将军》《萝卜回来了》《小蝌蚪找妈妈》《牧笛》《大闹天宫》（上下集）、《草原英雄小姐妹》《哪吒闹海》等三十余部美术片中担任动画设计。

1978年后任导演，曾导演《画廊一夜》（与阿达合作）、《雪孩子》《摔香炉》《金猴降妖》（与特伟、严定宪合作）、《夹子救鹿》（与常光希合作）、《回声》《不怕冷的大衣》《补票》《鹿女》（与严定宪合作）《舒克和贝塔》（第一集至第六集和严定宪合作）、《自古英雄出少年》（多人合作）等二十余部动画片。

其中，《雪孩子》是林文肖第一部独立导演的动画作品，讲述了一个友情与勇气的童话故事，人物形象活泼可爱，音乐优美动听，故事寓教于乐。